Com a promulgação da Lei do SINAES (Lei nº 10.861/2004) em 2004, a FURG constituiu, por meio da Portaria nº 969/2004, uma comissão que elaborou o “Estudo para Elaboração do Processo de Autoavaliação da FURG” que, além de sugerir a criação da Secretaria de Avaliação Institucional - SAI, elaborou a proposta de constituição e regimento da Comissão Própria de Avaliação - CPA a ser submetida ao Conselho Universitário. A CPA da FURG foi criada com as atribuições de “condução dos processos de avaliação internos da instituição, de sistematização e de prestação das informações solicitadas pelo INEP”. Em 20 de dezembro de 2004, através da Resolução nº 34/2004, o CONSUN aprovou o Regimento da CPA, designando em 29 de abril de 2005, através da Portaria  nº 934/2005, os membros da primeira CPA.

A reunião de sua implantação ocorreu no dia 2 de maio do mesmo ano. A CPA no seu primeiro ano realizou, então, o trabalho de adaptar e executar o Projeto de Autoavaliação Institucional, processo que culminou com a realização do I Congresso Institucional de Autoavaliação realizado em 2006. Em 2015, a CPA percebendo a necessidade de atualizar o seu regimento em função de se adequar a nova realidade da Universidade por causa das alterações do estatuto e regimento geral da Universidade e a criação de novos campi, começou a discutir e elaborar uma proposta de novo regimento para a sua composição e funcionamento. Esta proposta foi aprovada na reunião do CONSUN de 9 de dezembro de 2016 (Resolução nº 027/2016).